不幸的是，世界各地的马铃薯植物经常遭受各种病虫害。对病虫害的第一项预防措施是轮作和耕作。其次是只购买经过认证的无病害马铃薯种子。
科罗拉多马铃薯甲虫（Leptinotarsa decemlineata）是美国种植者的一个主要问题。这些甲虫以食用叶子为生，慢慢地会使作物骨架化。成年甲虫在春天出现，苏云金芽孢杆菌对防治幼虫非常有效，但必须多次使用（请咨询所在地区的持证农学家）。
晚疫病。晚疫病是由卵菌病原体致病疫霉引起的。晚疫病被称为”群体性疾病”，因为它在适当的天气条件下能够在田间迅速传播开来。当天气凉爽潮湿时，无性孢子很容易随风传播，可以迅速感染邻近的田地。感染致病疫霉可对马铃薯或番茄作物产生破坏性影响，如不加以控制，可能在几天内彻底摧毁一片田地。不幸的是，这种病原体可以在地里存活几个月，使其难以控制和消除。
马铃薯Y病毒也会对马铃薯农场造成破坏。其症状从轻度马赛克到严重的叶子坏死和植物死亡不等。
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